AMRF-101C AWCS迪恩（AWCS DINN）
AMRF-101C AWCS迪恩（AWCS DINN）是在前大战中所使用的AMF-101迪恩的空中警戒管制系统（Airborne Warning And Control System——AWACS）式样机，于前次大战后被开发出来，擅长在大气圈内飞行。机体背部装备了巨大的整流罩，是对空中警戒方面进行强化的MS，武器方面没什么变化。
虽然名称里有“管制”二字，但实际上管制机能大半被母舰等司令部所掌握，所以机体方面的侧重点是传感器，在事实上本机可以说是早期警戒机和侦察机的合体，也是有效指挥管制大部队所必须的机体。
ORB-01 拂晓
本机是乌兹米·纳拉·阿斯哈托付给女儿卡嘉莉的、将奥布的理念加以具现化的MS。晓的黄金色的装甲被进行了特殊的处理，因此机体具有很强的防御力。根据不同的战况，晓可以换装不同的背包，主要包括空战背包“虎头海雕”和宇宙战背包“不知火”，虎头海雕更可以分离为能独立飞行的战斗机。
ZGMF-X19A 无限正义高达
本机是与强袭自由高达一起由ZAFT军开发的攻击型试作MS。由于搭载了新型引擎，使本机具有数倍于正义高达的威力，可与命运高达及传奇高达相抗衡。与关节颜色为金色的强袭自由高达相对，本机的关节颜色为银色，机师是阿斯兰·萨拉。
ZGMF-X20A 强袭自由高达
本机是ZAFT军为了打破与联合军之间的混乱局势而开发的攻击型试作MS。由于搭载了新型发动机等措施，使本机拥有数倍于自由高达的战斗能力。关节的颜色为金色是强袭自由高达的外观特征。本机的机师依旧是大和吉良。
与ZGMF-X10A 自由高达一样，强袭自由高达亦能搭载流星系统，可作为具有强大火力的MA使用。
ZGMF-X42S 命运高达
本机是ZAFT为了将与地球联合军的战斗打上终止符而开发的最新MS，在火力、机动性、防御力及信赖性等几乎各个方面拥有远远凌驾于脉动高达等次期开发的机体的强大性能。PLANT的吉尔伯特·杜朗达尔议长据闻也参与了本机的设计。机体番号中的“4”表示本机是可以对应各种战况的泛用型机体。
由于本机是在缔结尤尼乌斯条约之后设计的，而且能量消耗极其严重，因此在条约相关内容的限制前提下根本无法运用，开发由此终止了，其设计思想则被可进行换装以应对各种战况的番号为“5”的脉动高达所继承。但是在新大战开始后，尤尼乌斯条约就成了一纸空文，机体的开发工作被继续进行了下去。
本机所搭载的最新型动力机关结合了以前型的送电系统及核动力的混合系统；此外，机体背部装备了两对翼，使其可以进行超高速飞行，玩弄敌机于股掌之上。
武器方面，本机搭载了MMI-714型光束剑、M2000GX高能长距离光束炮、MMI-X340型光束炮、RQM60F型光束回旋镖以及MA-BAR73/S型高能光束步枪等武器。
由于被寄予了很高的期望，所以本机被命名为“命运高达”，并被导入了脉动高达的战斗数据，针对飞鸟真进行了调整，所以命运高达可以说是真的专用机。
ZGMF-X56S-θ 命运脉冲
ZAFT军最新锐MS——ZGMF-X56S 脉冲高达的机体构造极为复杂；与它的高性能相对的是，机体的制造成本及整备性却绝不能说是良好的，而且训练方面也给驾驶员造成了极大的负担。在阿莫利万事变后，即使驾驶本机初次投入实战的机师飞鸟真于其后取得了惊人的战果，但是配备于前线的脉冲高达的数量仍然不足两位数，这就是其中的原因。
脉动高达最大的特征是采用了曾经被称为屈指可数的名机——地球联合军的GAT-X105 强袭高达所采用的强袭背包类似的影子系统。影子系统与强袭背包的不同点在于和可进行自动飞行的影子装置结合后就可以机动迅速地达到驾驶员所需要的模式。但与此同时，就需要专门用于搭载、管理影子装置的大型母舰，这一点对于脉动高达的运用是非常大的限制。
对于ZAFT而言，MS的概念原本是一机可以对应所有战况的万能兵器。然而，这就造成了为了对应扩大的战况的专门化的单机能机无秩序增殖的结果。对此进行反省的ZAFT军技术人员对脉冲高达的万能型构想进行了改进，其后开发的便是命影模式。这个模式是将脉冲高达的空影（中、短距离航空机动战）、爆影（炮战）和剑影（近距离格斗战）三大机能合一的统合模式。在前次大战中，地球联合军曾经在X105强袭上试验性搭载过被称为强袭IWSP的统合武器系统，X56S/θ命运脉冲可以称得上是它的ZAFT版。
命影系统的武装包括：激光对舰刀、光束回旋镖、两座远视桶伸展式光束炮塔等等。此外，还有对于脉动而言原创的栓接装备——两腕的光束盾牌发生器。但是这样多的武器的搭载对于具备了独立型驾驶舱和核心战斗机等精密部件的脉动的机体构造而言是相当大的负担；而且光束武器相当耗费电力，平均一次出击要进行三次远距离充电。不仅如此，氘核充电系统并不能在实战中频繁使用，对于机体的构造而言负担过重。开发阵容最后得出了“如果要制造最强的万能机，重新设计新的机体反而会更快”的结论。此时ZAFT已经制造出了四架命影，之后就终止了开发和生产。后来，最终发表的ZGMF-X42S继承了“命运”这一名称。
ZGMF-X56S 脉冲高达
本机是ZAFT军在尤尼乌斯条约缔结后开发的最新型MS，在阿莫利万（1号军械库）免于被夺后成为飞鸟真的座机。由于条约规定禁止使用核引擎，所以本机采用了氘核光束送电系统，这是一种可以通过无线电远距离提供能量的机构，只要母舰存在，能源几乎无法耗尽。此外，在被称为“Core Splendor”的核心战斗机内拥有可变形的独立型驾驶舱及被称为“影子系统”的武装更换机构。“影子系统”由地球联合军曾经开发的GAT-X系列中的强袭系统的设计思想发展而来，因此脉动高达同样能够根据各种战局采用不同的武装，具有很高的战术性及运用性。
ZGMF-X56S-α 空战型脉冲高达
本机是ZGMF-X56S 脉冲高达装备了重视高机动战的“空影”后的形态。由于是重视高机动战的形态，所以本机装备了名为“金刚杵”的光束军刀及光束步枪作为主要武器。
ZGMF-X56S-β 剑装备型脉冲高达
本机是ZGMF-X56S 脉冲高达装备了重视格斗战的“剑影”后的形态。由于是重视近距离格斗战的形态，所以本机装备了光束回旋镖及两把以亚瑟王传说的“石中剑”为名的对舰刀作为武器。
AMA-953 巴比（Babi）
AMA-953 巴比（Babi）是P.L.A.N.T.最高评议会下令开发的除“新千年”系列量产机外研发的另一款可在大气圈内使用的量产可变式重型空中攻击型MS，其番号中的“AMA”是“空中机动攻击（Aerial Maneuver Attacker）”的简写。
早在与地球联合爆发的第一次大战时，扎夫特便开发出了拥有极强制空权的空战型MS——AMF-101迪恩，而巴比的诞生，在保证了MS制空权的同时，获得了更强的火力、更多的载弹量和更坚固的装甲。巴比并没有采用迪恩的轻量化机身+可变式机翼，而是使用了j简易可变形式设计，依靠切换MS与MA形态以提高机体适应性。在MS形态下，巴比便拥有常规MS的滞空与机动能力，而在MA形态下，更拥有战斗机的高速度，能够直接轰炸地面目标，实施一击脱离的战术。此外，厚重的装甲也提高了该型机在防空炮火下的生存能力。
武装方面，巴比双手分别配备了MA-M343光束步枪和MMI-M182航空炮击管，主翼上也搭载了丰富的对空/对地武器，包括四门MMI-GAU2436型22.5毫米四联装机炮、两门QFJ91型12联装导弹发射器。而胸口的MGX-2237型“热忱”复相光束炮则是该机威力最大的兵装，无论MS形态还是MA形态下都可使用，令该机可以承担后方支援机及轰炸机的角色。
巴比因此直至C.E.73下半年才开始出现在战场上，随后大量配置于扎夫特的各个地面基地，并依次参与了柏林战役、摧毁LOGOS的天堂基地的“诸神黄昏行动”与入侵奥布的“怒火行动”，作为先锋部队而活跃在地球战场上，直至第二次大战终结。
TFA-4DE 加兹乌特
本机是ZAFT军重MS——TFA-2 扎乌特的改良型，两肩的加农炮被更换为光束炮，2连装副炮也更换为大型导弹，进一步加强了火力
UMF-SSO-3 埃修
本机是ZAFT军的特殊部队所使用的最新锐的水陆两用型可变MS。与通常的战斗相比，本机被更多地运用于秘密行动等特殊作战之中。机体的腕部并非是MS通常所使用的泛用性很高的机械手，而是装备了作为固定武装的锐利的爪。
UTA-TE-6P 吉奥格恩
本机是ZAFT在前大战时所开发的UTA/TE-6 地下机动试验评价型格恩的改良型量产机。战后，技术人员对试作机的一些问题点进行部分改良后加以量产。总体而言，试作机和量产机并没有多大的差别。有数架本型机曾经参与了对号称拥有铁壁般防御的奥布联合酋长国的作战，但在到达国防本部、行政府附近时被防卫部队全部击破。
ZGMF-1000 扎古勇士
本机是停战后ZAFT所开发的新世代MS“新千年系列”第一期型，可根据战况的不同追加及更换各种装备及武装，具有很高的泛用性，是ZAFT的次期主力MS，其名称中的ZAKU为“Zaft Armored Keeper of Unity”的首字母缩写。
ZGMF-1000-A1 炮战型扎古勇士
本机是停战后ZAFT所开发的新世代MS“新千年系列”MS——F-1000 扎古勇士的炮战型机，主要用于远程攻击。机体背部装备的M1500型高能长距离光束加农炮“奥特洛斯”（这个名称来源于古希腊神话中三头三身的魔犬）具有很高的攻击力；另外，为了提供光束加农炮所需的能量，技术人员还特地在背部装备了大容量能量罐。
ZGMF-1000-K 扎古勇士·斩
本机是对扎古勇士进行改造，搭载了斩型Wizard背包后得到的机体。本机跟普通型扎古勇士的主要不同之处在于技术人员在机体的肩部增设了两门加特林炮，还在腰部装备了巨大的光束斧，以便于近距离战斗。
ZGMF-1000-M 扎古勇士·焰
本机是对扎古勇士进行改造，搭载了焰型Wizard背包后得到的机体，技术人员在机体的背面加装了大型推进器及诱导导弹，提高了本机的机动性和火力。
ZGMF-1001 扎古幻影
本机是ZGMF-1000 扎古勇士的上位机种，主要由指挥官驾驶。跟扎古勇士一样，本机也可以根据战况的不同追加及更换各种装备及武装，具有很高的泛用性。由于机体主要配备给指挥官使用，依据各人的爱好本型机有很多不同的涂装。
ZGMF-1001-K 扎古幻影·斩
本机是ZGMF-1001 扎古幻影的近距离战装备型机，与扎古幻影同样由指挥官驾驶。本机跟普通型扎古幻影的主要不同之处在于技术人员在机体的肩部增设了两门加特林炮，还在腰部装备了巨大的光束斧，以便于近距离战斗。
ZGMF-1001-M 扎古幻影·焰
本机是ZGMF-1001 扎古幻影的衍生机种，与扎古幻影同样由指挥官级的机师驾驶，重视中近距离的射击战。
ZGMF-1017M2 高机动型金Ⅱ
本机是高机动型金衍生机的一种，拥有光束步枪、盾牌，以及武士刀等特殊装备。令尤尼乌斯7坠向地球的恐怖份子所使用的也是本型机。
ZGMF-2000 火虎
本机是ZAFT继扎古之后开发的新型MS，名称中的GOUF是“Guardian Of Unity Forerunner”的缩写。本机的主武装是剑和装备于双腕的热能鞭，另外4连装重突击枪也具有相当强的火力。技术人员在机体的背部装备了飞行装置，使本机成为在重力情况下能够兼具AMF-101 迪恩的空中机动性能和ZGMF-1001 扎古幻影以上的格斗性能的特殊机体。
ZGMF-601R 盖茨R
本机是ZGMF-600 盖茨的改良型机体，盾牌及腰部的制动器被更换为电磁炮。由于性能优异，因此即使在“新千年系列”完成后，本机依然作为ZAFT军的主力MS而大量配备于前线。
ZGMF-X2000 火虎
本机是ZAFT继扎古之后开发的新型MS，并被施加了以橙色为基调的涂装，是FAITH成员海涅·威斯藤夫鲁斯的专用机，名称中的GOUF是“Guardian Of Unity Forerunner”的缩写。本机的主武装是剑和装备于双腕的热能鞭，另外4连装重突击枪也具有相当强的火力。技术人员在机体的背部装备了飞行装置，使本机成为在重力情况下能够兼具AMF-101 迪恩的空中机动性能和ZGMF-1001 扎古幻影以上的格斗性能的特殊机体。
ZGMF-X23S 救世主高达
本机是ZAFT军次期开发的MS中的一机，可变形为战斗机型的MA，是采用了氘核光束送电系统的ZAFT军最新锐MS，在高机动战斗中可以发挥出其真正的价值。与其他四机相比，本机的开发较迟；番号中的“2”表示航空系，“3”则表示开发序号。
ZGMF-X666S 传奇高达
本机是继承了前次大战末期如鬼神般进行战斗的天命高达的设计的攻击型试作MS。由于量子界面的改良，所以在机体背部及腰部装备了多个普通机师也可以远距离进行攻击的龙骑兵系统，但其操作对驾驶员的要求极高。
原本本机预定由阿斯兰·萨拉驾驶，但其时阿斯兰却脱离了ZAFT。在追击阿斯兰时雷·扎·巴雷尔使用了本机，其后他就成为传奇高达的正式机师，直到弥赛亚之战。
此外，传奇高达所使用的新型动力机关及手甲部MX2351型光束盾产生装置与ZGMF-X42S 命运高达是共通的。
MVF-M11C 侦察型村雨
本机是在村雨上增设侦察用传感器的村雨衍生机种之一，背部装备了巨大的圆盘型整流罩，除此之外武装等细节没有什么变化。
在由于电波侦察和通讯等被大幅度限制的中子干扰的影响下，依靠舰载机的侦察是非常重要的侦察行动，但同时也是十分危险的任务，最好使用武装化的机体进行，侦察型村雨便因此而生。
机体的本体部分和通常的村雨基本相同，在同—部队的整备和运用相当轻松。因为增设了传感器的缘故，和通常的村雨相比虽然机动性处于劣势，但是武装却没什么不同。即使在强行侦察时与敌机遭遇，也可以战斗并自行返回回馈情报，作为侦察机可以说是非常有用的机体。
MVF-M11C 村雨
本机是奥布军的次期主力MS，机体的最大特征是具有可以在大气圈内变形为能够飞行的MA状态的变形机构。由于装备了可兼作机首的盾牌和前进翼，因此拥有值得夸耀的高速度。但是，在奥布的中立遭到侵犯时，本机并没有发挥它应有的作用。
ZGMF-XX09T 大魔骑兵
ZGMF-XX09T Dom Trooper是在前大战终结后，由ZGMF-X999A的设计思想所衍生出的试作型机体，预定同样可以通过换装Wizard背包而对应各种不同的战局。由于预定主要在重力下使用，技术人员在机体的脚部设置了大型悬停组件，使其具有比二足步行MS更高的移动速度；但由于操作上过于复杂，使得本机在ZAFT机师中的评价并不高，试制了数机之后就停止了开发工作。其后该机流入克莱恩派手中，在秘密工厂中进行了生产，所以其番号不为ZAFT所承认。在ZAFT军攻击奥布时，曾有本型机为了保护奥布而与ZAFT军交战。据推测DOM的名称为“Dauntless Obliterator Magnificent”之意。
AQM-E-A4E1 喷气式强袭背包
AQM/E-A4E1 喷气式强袭背包是可装备于温达姆及短剑L上的强袭背包，能够令机体具备在大气圈内进行飞行的能力，其翼下可以安装各种武器。
GAT-02L2 短剑L
GAT-02L2 短剑L是地球联合军新一代的量产型MS，也是短剑的改良型，在武器等方面都有所强化。此外，特殊部队也有采用暗色涂装的例子。
GAT-04 温达姆
本机属于地球军的新型量产型GAT系列，是GAT-02L2 Dagger L的后继机，拥有与AQM/E-A4E1 Jet Striker等机体的共用性，还可以加装核弹发射器，具有很高的泛用性，并且可以与强袭高达、105短剑一样，根据战局的不同来装备各种强袭背包。由于对武器和盾牌进行了完全的变更，所以可以说是与Dagger的改良型Dagger L完全不同的新制MS。作为泛用量产型MS，本机的性能相当之高。
GAT-707E 禁断旋涡
GAT-707E 禁断旋涡是结合了回馈的GAT-706S 深境禁断技术的GAT-X255 禁断之蓝的量产型，曾在天堂基地防卫战中登场。
从外表来看，禁断旋涡与禁断之蓝几乎完全相同；规格上的差异则为导入深境禁断技术后机体的耐压性得到了提高，从而延长了潜水的时间。机体在TP装甲未启动时，虽然易遭受格恩和佐诺的鱼雷攻击而被击沉，但也相应地证明了这种状态下仍可以继续战斗。
GFAS-X1 毁坏高达
本机是地球联合军所开发的巨型MS，全身均配备了大量武器，另外还有可令光束武器无效化的装备，这使得本机具有单机轻易破坏一座都市的能力，可称得上是超越战术级的战略级杀戮机器。机体番号中的GFAS为Gressorial Fortress Armament Strategic（战略步行要塞兵器）的首字母缩写。
在最初使用斯特拉作为生物CPU机师时，仅一机毁坏高达便将城市化为了焦土；其后在天堂基地攻防战中曾有5架毁坏高达参战，但均被击破。
TS-MA4F 埃格萨斯
本机是地球联合军特殊部队的指挥官尼奥·罗亚诺克的专用MA，装备了两门电磁炮及四个特殊全方位攻击武器，作为MA具有很高的攻击力，即使面对多架旧ZAFT军的MS也毫不逊色。这种全方位攻击武器是C.E.70年在战斗中闻名的莫比乌斯零式所搭载的、后来也应用于部分GAT-01A1 短剑（通称105短剑）的全方位攻击系统“有线式荚舱”的发展型。
TS-MB1B 欧几里得
TS-MB1B 尤克里德是自天堂基地开始配备于地球联合军各据点的阿德卡夫工业公司所制造的量产型MA。与同为MA的扎姆扎扎及盖尔兹格不同的是本机并没有臂及脚等机构，这一点更接近于莫比乌斯等初期的MA。
本机在地上及宇宙中均可以使用。由于体型较大，可以搭载较为大型的推进器，能够发挥出很高的机动性。武器方面，由于装备了M464型高能大型光束炮和阳电子反射光束盾，使得欧几里得在攻防两面都相当出色。
YMAF-A6BD 扎姆扎扎
本机是地球联合军所开发的巨大的MA，体积为脉动高达的数倍，在现有的机动兵器中体型也算是较大的了。扎姆扎扎的全长达47.13米，身躯类似于椰子蟹形状，其光束盾可以展开，爪部也可以收纳；另外，机体的各只脚上分别搭载了复列位相能源炮及单装炮，本体两侧左右也各装备两门低压炮，这些武器的攻击力极高，对于ZAFT军而言具有压倒性的破坏力；此外，机体头部还装备有阳电子反射器，能够将战舰发射的阳电子炮弹回去。除了这些，扎姆扎扎还能够根据战斗状况的不同而变形为格斗战形态或炮击战形态。
ZGMF-X24S 混沌高达
本机是ZAFT军次期开发的MS中的一机，可变形为MA，是采用了氘核光束送电系统的ZAFT军最新锐MS。机体双脚为巨大的爪，背部装备了大型火器等强力武器，在强袭作战中可以发挥出其真正的价值。本机番号中X24的“2”表示航空系，“4”则表示开发代号；驾驶员为地球联合军的斯汀·奥克雷。
本机在地球联合军方面的番号为RGX-01。
ZGMF-X88S 盖娅高达
本机是ZAFT军次期开发的MS中的一机，是预定作为地上格斗战而开发的、采用了氘核光束送电系统的ZAFT军最新锐可变MS。机体番号中的“8”表示本机是陆战4脚系的机体，可变形为四脚兽形态的MA。本机的驾驶员为地球联合军的斯特拉·鲁西耶。
本机在地球联合军方面的番号为RGX-03。
YMFG-X7D 盖尔兹格
本机与YMAF-A6BD 扎姆扎扎同样是由阿德卡夫机械工业为地球联合军开发的试作型MA，共有6只脚，前两只脚用于攻击，后四只脚则用于步行。机体的驾驶舱位于本体下部侧前方。和YMAF-A6BD 扎姆扎扎一样，YMFG-X7D 盖尔兹格也搭载了阳电子反射器，能够有效地抵御阳电子炮的攻击；另外盖尔兹格的上部还采用了旧式化的强袭短剑的上半身作为武器系统（两手各装备了光束步枪）兼探测器。
MBF-M01M1 异端伯劳装备型
本机是安装了大气圈内特殊飞行用装备——EF-24R型飞行背包“伯劳鸟”后的的改良型MBF-M01M1异端。
作为能够以最小成本就可令M1异端飞起来的组件，伯劳鸟飞行装备可以说是最适合的升级方案。该装备通过直接挂装于M1异端的背部背包上，通过左右各一具向后延展的大型双进气升力风扇（离心式或混流式）让机体可以具备垂直起降战斗机的部分功能。另外，升力风扇的排气就是压缩空气，没有对机体烧蚀和喷气回吸的问题，这为部队快速升空迎战来自空中的敌方打击力量以及延长机体装备寿命提供了极为宝贵的高性价比支持。
不过，作为一款应急目的的升级方案，该装备的升力风扇并不能为机体提供有效的高速机动能力支持，所以仅能借此装备让大部分尚在服役的M1异端可以在大气圈内短途飞行，为奥布群岛近海海域的低空防卫、侦察、索敌能力提供较为有效的保障。而还有一部分机体则部署在诸MS航母上，与MVF-M11C村雨形成高低空搭配，为MS航母战斗群的立体战斗能力贴上了有效的护身符。